Na de avonturen met de Luchtpiraten dreigt er een nieuw kwaad in het Ninjago-universum. Er verdwijnen vissers op zee, langs de kust van het Duistere Eiland steekt een heftige storm op en Meester Wu voelt dat het evenwicht van goed en kwaad steeds verder uit balans raakt. Dan verwijnen ook Misako en Ronin, die maar één aanwijzing achterlaten: een waarschuwing om uit de buurt te blijven. Natuurlijk reizen Meester Wu en de ninja's toch naar het Duistere Eiland, waar ze de strijd aan moeten gaan met nieuwe én oude vijanden. Zullen ze met hun spinjitzu en de beheersing van de elementen kunnen voorkomen dat de wereld ten onder gaat?